Do chưa có quy định trạm thu phí phải nằm trong dự án BOT nên một số trạm đặt bất hợp lý, công trình một nơi, thu phí một nẻo. Dẫn đến trường hợp người dân phải trả tiền kể cả khi đi qua đường tránh
Hiện TP Hà Nội đang tổ chức phân luồng giao thông và triển khai thi công đồng thời tại hai nhà ga S1 Quần Ngựa, S3 Vành đai 1 của tuyến metro số 5 Văn Cao - Hòa Lạc.