Quy hoạch giao thông xã Đông Yên được xác định theo sơ đồ định hướng phát triển giao thông của bản đồ quy hoạch chung xây dựng huyện Quốc Oai đến năm 2030 của TP Hà Nội.
Dự án đầu tư xây dựng tuyến đường Vành đai 3 (đoạn qua các xã Đông Anh, Phúc Thịnh, Thư Lâm và Quang Minh) là công trình hạ tầng giao thông trọng điểm của thành phố Hà Nội.